哈哈，这个问题有意思了，火影忍者里边如果小南和自来也打的时候佩恩不出手小南会被打败吗？个人认为小南凶多吉少，当然如何这个阶段小南已经在准备六千亿起爆符的情况下还有一线生机，下面具体说明一下。
自来也知晓小南的能力特点，因此一对一的话小南想要利用纸片化特殊能力规避物理伤害基本上是不可能的。
火影忍者里边晓组织成员小南的得意技能就是纸片化忍术，能够利用这招免疫大部分的物理攻击。当然火影中没有无敌的技能，因此小南的特殊能力也有弱点:①小南查克拉耗尽就无法维持纸片化的形态，这一阶段小南是无法规避物理攻击的，最后被带土偷袭成功就是因为小南发动六千亿起爆符耗尽自身的查克拉。②怕油:小南的纸片化过程如果遇到油性物质就无法顺利分离和进行形态变化，同样无法抵御物理输出。
而自来也在以前辅导小南，长门和弥彦期间其实已经对小南的特殊能力有所了解了。因此在战斗的初始阶段就利用蛤蟆油让小南无法顺理使用自己纸片化的能力，而小南的攻防行动都需要以纸片化变形为基础。被油覆盖以后的小南基本上废了没有佩恩帮忙的话只能被自来也蹂躏了。
如果这个阶段小南已经在准备六千亿起爆符还有活命的机会。
剧情中虽然是小南和带土对决的时候才出现了六千亿起爆符，但是个人猜测其实是带土成为晓组织幕后操纵者以后小南和长门为了防备带土做的后手准备。六千亿起爆符的准备周期应该是比较长的，因此在自来也和小南对抗的时候如果小南以使用大规模起爆符为威胁是有可能让自来也住手的，自来也去雨忍村的目的是打探佩恩的能力情报，因此在之前是不会拿自己性命开玩笑的。
所以如果小南以起爆符威胁自来也有可能让自来也放弃进攻小南，当然这种推测也是建立在自来也不削弱晓组织实力的情况下，如果自来也狠一点是完全有机会在小南被蛤蟆油覆盖以后进行攻击的，本身自来也的技能攻击能力就不弱，一个组合忍术来一发估计小南就完了。这就看小南敢不敢赌了，不赌的话自来也如果不能从小南这里得到佩恩的情报小南基本上是活不了的，拼一把还有活命的机会。
最后总结一下，如果只讨论忍者技能之间的相克关系，小南基本上是打不过自来也的，自来也能够利用蛤蟆油让小南无法使用纸片化变形，分析不到位地方请见谅，各位有其他想法欢迎留言讨论。
