哈哈，这个问题有意思了，宇智波一族灭门以后为啥木叶高层不下令杀了佐助？个人认为主要原因有这几个方面①剧情发展需要，佐助如果死了后面不能封印辉夜。②鼬参与灭族行动和团藏有约定留佐助一条命，并且鼬临走之前玉三代有利益交换过程。木叶村把宇智波有反叛图谋的成员杀死以后认为宇智波佐助已经不可能对木叶村构成威胁。下面具体说明一下。
宇智波佐助作为剧情中的男二号是不会那么早就死亡的，否则后续剧情无法顺利展开和完结。
火影忍者算是一部常规套路的热血动漫，总体上来说剧情发展都是围绕主角经历各种磨难最后成长起来消灭反派势力的过程。而剧情中造成忍者世界纷争不断的根源就是大筒木辉夜以及想要复活辉夜的意识载体黑绝，按照火影的设定想要限制辉夜的能力就必须利用封印术，而封印成功的关键就是需要具有辉夜两个儿子血缘关系的后辈来完成。
剧情中前面的阿修罗和因陀罗，宇智波斑和千手柱间兜先后死亡（斑后面复活是黑绝复活辉夜的计划步骤之一），因此想要最后解决辉夜，佐助和鸣人缺一不可。这样一来从剧情发展方面来看木叶村的高层是不可能对佐助下手的，否则后续也不会有鸣人和佐助之间的羁绊和成长了。火影的剧情并不是反常规的类型，因此从逻辑上来看即使木叶村高层有机会消灭佐助也不会做这种事情。
封印辉夜需要鸣人和佐助二人合李才能够顺利完成，如果佐助死了，按照火影正常的发展轨迹最后的结局就是比较悲剧的了。所有人都会陷入无限月读的幻术世界中，最终成为神树的养料形成新的查克拉果实。
佐助能够活下去与鼬的牺牲有很大关系，也可以看作是木叶村高层对于鼬灭族行动的补偿，同时希望继续利用鼬的能力刺探晓组织的情报。
看过火影的都知道如果没有团藏的各种操作，宇智波一族的命运可能并不会那么悲惨，鼬非常清楚当时宇智波一族和木叶村之间的实力差距，硬碰硬的结果很困难是宇智波一族全灭。因此才会去执行团藏下达的任务，当然任务酬劳就是留下宇智波一族的唯一血脉自己的弟弟宇智波佐助。
有人可能会说难道鼬不担心团藏出尔反尔吗？鼬当然怕，但是好多鼬还有继续和木叶村谈条件的资本：一方面三代火影当时的木叶村权力核心三代火影猿飞日斩是主张以和平的方式解决和宇智波一族的利益分歧的，因此鼬利用了三代对于自己执行灭族行动的愧疚感，由于时间紧迫不得不采取强制行动让准备反叛的宇智波一族成员消失，所以宇智波鼬在离开木叶从之前一直和三代火影提及与团藏约定的问题，二三代火影也给了鼬口头保证，只要自己在位佐助就不会有危险。
另一方面就是宇智波鼬准备以叛逃忍者的身份加入晓组织，刺探晓组织的各种情报在反馈给木叶村高层。而木叶村对于一直收集尾兽的晓组织也存在警惕心理，正好可以借助鼬来了解晓组织的相关情报。因此双方在对等利益交换的前提下让宇智波佐助得到了活下去的机会。
佐助能够继续在木叶村活下去与鼬以及父母的牺牲有根本性的联系，可以说鼬作为扶弟魔为佐助做了自己能够做到的一切。再加上三代并不是太忌惮写轮眼的特殊能力，在宇智波佐助有自保之力以前让其没有性命之忧。
否则如果鼬不同意团藏的计划最后的结果就是宇智波一族无人生还，其他想要得到写轮眼能力的木叶村其他利益集团肯定会趁机落井下石，鼬的所作所为让这些家伙没有行动的借口。
宇智波一族主体成员被解决掉以后对于木叶村的威胁大幅度降低，因此佐助才能够急需存活下去。
宇智波一族被灭族的运用除了原本和村子存在利益纠纷以外最根本的原因是木叶高层害怕宇智波一族的某法行动让原本相对稳定的木叶村管理体制受到破坏，写轮眼在战斗中的优势是非常明显的，即使木叶村能够压制宇智波一族的行动也会杀敌一千自损八百。
而且既然是利益分配就不可能做到完全公平，木叶村内其他势力肯定也有对资源分配额度和木叶村有矛盾的，所以对于木叶村高层来说就是不能让这种反对传统统治体系的行动成功，否则木叶村其他家族也会采取和宇智波一族类似的行动，这样一来木叶村就永无宁日了。
而鼬和带土的行动让木叶村暂时避免来陷入因为资源分配问题陷入内乱的问题，本质上还是大家一起抱团取暖。既然刺头被解决了以佐助当时的能力是不可能对木叶村造成威胁的，佐助在木叶村的生活情况基本上都在木叶村高层的掌握之中。
让佐助继续活下去还能够让木叶村有一个好名声，在村民的心里就是不计前嫌的最佳例子，即展示了木叶统治核心维护村子利益的强硬一面，也体现了管理者的仁慈。这种胡萝卜家大棒的管理策略对于老谋深算的木叶村高层成员来说想要实施并不困难。
如果不开上帝视觉，木叶村高层是不可能提前预知佐助未来的发展潜力是如此巨大的，在失去家族的支持以后按照正常发展规律佐助的成长速度并不会太快，写轮眼能力的运用没有族内长辈指导佐助只能摸着石头过河，各种资源的使用都需要大量的投入。因此佐助对于木叶村的威胁程度是很低的，这也是佐助能够活下去的原因之一。
最后总结一下，个人认为木叶村在宇智波一族灭族行动以后不干掉佐助的原因是多方面的，一个是剧情发展需要，加上鼬的牺牲以及和木叶村的利益交换，佐助对于木叶村整体的威胁性低的因素让佐助能够顺利活下去，分析不到位地方请见谅 各位有其他想法欢迎留言讨论。
